En estos enlaces puedes encontrar información y sitios donde descargar algunos paquetes de software libre para visualización y análisis de imagen.
Creado por Carl Zeiss, ZEN es la solución para visualizar imágenes en
formato .czi, .lsm, .zvi, etc. y mostrar sus metadatos. Se pueden medir distancias, hacer densitometrías, visualizar imágenes 3D, crear reportes, exportar en varios formatos de imagen o video.
Cell Profiler extrae medidas cuantitativas y metadatos de varias imágenes a través de un flujo de trabajo que primero procesa y luego analiza imágenes. Se puede cuantificar intensidad de fluorescencia, densidad celular, hacer colocalización, seguimiento de las células en videos de microscopía de células vivas. Puedes descargarlo aquí y revisar como usarlo aquí.
Interface intuitiva, hecha en el Instituto Pasteur, para manipular múltiples ROIs, visualizar imágenes 3D vía VTK (Usado en IMARIS), ambiente gráfico para diseñar protocolos de procesamiento de imágenes. Es una plataforma orientada a comunidad, por lo que
cuenta con una biblioteca amplia de plugins hechos por y disponibles para los usuarios.
Es una plataforma para almacenamiento, administración y análisis de imágenes dentro un servidor, A través de la aplicación de escritorio se pueden importar las imágenes, hasta 140 formatos de software comerciales, para luego usarse en otros software. En el servidor se pueden visualizar las imágenes como thumbnails, editar ajustes de brillo, contraste y color, crear ROIs, agregar metadatos, dibujar figuras para luego exportarlas, hacer análisis a través de FIJI/IMAGEJ, R, MatLab, Python, guardar los resultados en el servidor, compartir con colaboradores y crear enlaces para publicación.
Este programa puede abrir una gran variedad de formatos de imagen, puede convertir a otros formatos, crear pases de diapositivas, optimizar la imagen, etc.
ImageJ, una plataforma muy popular que tiene una gran variedad de plugins para procesamiento y análisis de imagen . Puede también abrir imágenes 3D de microscopía confocal y hacer análisis cuantitativos http://imagej.nih.gov/ij/
FIJI, por sus siglas: FIJI Is Just ImageJ, es un paquete de plugins precargados en ImageJ para un sin fin de tareas de procesamiento y análisis de imagen. Puedes descargar FIJI en lugar de ImageJ para que no tengas que buscar plugins y agregarlos a ImageJ. Hay algunos plugins solo disponibles en FIJI, algunos de ellos dedicados al área de
neurociencias.
Con esta herramienta se puede hacer seguimiento del entramado de dendritas en una neurona para posteriormente hacer una reconstrucción tridimensional. Puede hacer el trazado o seguimiento de las dendritas a través de un stack de imágenes de microscopía confocal, basándose en la intensidad de fluorescencia. Puede hacer análisis cuantitativo de la morfología dendrítica, análisis tipo Sholl y mostrar datos jerárquicos del entramado dendrítico.
Para obtener más información de una serie de imágenes obtenidas de distintos planos focales, es decir un stack en Z, es muy importante un software que pueda visualizar las imágenes tridimensionales obtenidas por microscopía confocal. En este sitio se enlistan varias fuentes de software, la mayoría gratuitos, para cumplir esta necesidad u otras en el área de microscopía
Usado para cuantificar longitud de telómeros u otras señales obtenidas por FISH en imágenes TIFF en escala de grises. Este programa usa ImageJ.